Az újítások lehetővé teszik az 5 nagy nemzet közötti Háborút. 

Csak a Kage (vezető) indíthat háborút és a másik Kagénak el kell fogadnia.
A faluban élő ninják többségének bele kell egyeznie.
A háború több harcból áll aminek a győztese nagy jutalomba részesül.
A szövetségeseitek segíthetnek a háborúban amivel előnyre teszel szert.
A Kagék fizethetnek egy zsoldos szervezetnek akik nagyon jól képzett Shinobikból áll és ők is segíthetnek.
Először Harcoltok a szabad területekért és aztán jöhet a nagy nemzet ellen.
Szóval kezdjetek el háborúzni, hogy ti legyetek a legjobbak.

Konohagakure: 1.

Sunagakure: 9.

Kirigakure: 2.

Kumogakure: 8.

Iwagakure: 4.

Szabad: 3./5./6./7./?/Hold/Csillag/Havas/Billog/Madár.

Üres terület: Elfoglalásra vár.

A szövetség egy hasznos dolog ha háborút akarsz indítani. A szövetségeseitek segíthetnek nektek a harcokban.

Egy nemzetnek csak 2 szövetségese lehet.
A Kagék kötik a szövetséget. Ők beszélik meg a szövetség feltételeit.